Antes que nada yo me plantearia muy seriamente unificar la bbdd en un solo sistema. Mysql o si me apuras Access, si te lees este hilo estuvimos discutiendo sobre el mismo tema
http://www.forosdelweb.com/f21/compa...-mysql-736475/. en este se plantea la solución de usar Access como bbdd para la web.
Si esto no es factible, luego lo que puedes hacer es vincular las tablas de la bbdd Mysql a Access, via odbc, y en Access programar los procesos de actualización que hagan falta.
Sobre tu petición de una aplicación, con mucha seguridad te podria decir que no exite, puesto que cada bbdd puede tener una estructura totalmente particular, segun el estilo del programador que la haya creado, luego es imposible que exista una aplicación capaz de adaptarse a cualquier bbdd.
Quim