pues no e entendido mucho pero mira te cuento lo que e podio averiguar. mira cuando tu entras en mi dominio
www.midominio.es no muestro hay la web sino que tengo un index.php que te redirige a una carpeta llamada miweb. Es decir la pagina principal es:
www.midominio.es/miweb/index.php.
Dentro de "miweb" estan todos los directorios de la web pues bueno todo lo que esta en el directorio "miweb" le pasa eso de que no funciona el sesion pero todas las paginas que hayan en todas las otras carpetas funciona bien la sesion.
espero me entiendas