Puede un Modelo ER....

[gnzsoloyo]

Técnicamente, se puede, aunque se aleja del modelo de sistemas.
Es posible que en realidad no se trate de entidades desconectadas, sino que su relación no es visible para ti en este momento.
Un caso sería relacionar los Usuarios con los alumnos, asignaturas, etc., en tablas que permitan seguir quienes han hecho qué y quién le dio alta a qué o quien. En ese caso, no solamente te faltan todas las tablas transaccionales sino que además te falta profundizar el modelo para establecer bien todo lo que ese sistema hace y todo lo que debe estar registrado.
En el caso de la tabla enlaces, pasa lo mismo: ¿Quién dio de alta un enlace?, ¿Cuándo lo hizo? ¿Quién lo modificó?

Como verás, se puede hacer mucho más.