En
http://framework.zend.com/manual/en/...-standard.html vas a encontrar un tipo de standard que sugiere Zend. No es que sea un standard oficial para crear web, pero es una sugerencia que da Zend para cuando vas a programar en PHP, para así evitar errores. Entre ellos, busque por encima y no encontre que indicaran que el uso de muchos includes o requires se debe evitar. Así que estoy con pateke que si vas a programar una aplicación que vas a estar tu sólo, lo hagas a la manera como se te haga fácil manejar. Pero si vas a programar para que otro lo lea, te sugiero que documentes lo que hagas mientras la vas creando.