horape... si la agrupación la haces primero que el order by es obvio que el order by se aplica a la consulta ya agrupada.
prueba así:
Código sql:
Ver originalSELECT * FROM(
SELECT a.id id1,a.site,b.site_id,b.real_date,COUNT(b.id),b.id
FROM unique_sites AS a
LEFT JOIN sites_visits AS b ON a.id = b.site_id
ORDER BY b.id DESC)T1
GROUP BY T1.id1
Aunque no la haya probado, esta consulta trata de hacer primero el ordenamiento par luego agrupar.
Nos cuentas como te va,