1. Yo no quise migrar a Jommla 1.5 por que queria algo estable que logré con joomla.10x, ya me aburrí de estar actualizando cada dos meses!!! es una lata!
2. Hay que tener muuuuuchooo cuidado con el SEO de joomla, no es nada fácil, Joomla no es tan amistoso desde la perspectiva seo, como muchos piensan, mis consejos:
a. Procura manipular el script para que puedas cambiar el title de la página a el de cada página, y tu mismo puedas escribirlo
b. Si usas un componente para tener URLs amistosas, ten cuidado que dicho componente NO te deje las URLs nativas del seo de joomla en otros sectores, por ejm en el search, por que si una parte del sitio esta como:
www.sitio.com/cat1/conten1.html
y tambien atravez del search o de alguna otra parte oculta de joomla se puede accesar la misma página pero ahora como:
www.sitio.com/index.php?module_content=id.....
Entonces tendras serios problemas de repeticion de contenidos.
Otra: Canoniza todo el sitio web, que solo pueda ser accesado mediante una sola version, con www o sin.
Sobre el posicionamiento de tu actual sitio web, para no perderlo te toca una tarea grande, pero posibile, solo tienes que redirigir (usando .htaccess) 301 todas tus viejas urls y cambiarlas por las nuevas urls, asi no perderas ni un punto de posiciones... a menos que el template nuevo sea diferente y en tal caso el robot verá diferente el contenido y podría subirte o bajarte dependiendo de la optimizacion del nuevo sitio.
Sobre el PR, el homepage no sufrirá, y si hacer redirecciones correctas no tendras problemas.
;)