pues es que el código esta muy mal planteado
...
osea, estas ciclando
N numero de imágenes...
y luego, envías por cada una un
header()
y por si fuera el colmo intentas "escupir" cada imagen como solo una???
si solo necesitas cambiar el formato de las imágenes, sin enviarlas al browser...
evita el header(), ¿si lo habías pensado??
suerte!!
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PDTA: y de algún modo revisa donde se guardaron las imágenes convertidas en PNG, ¡¡seguro ahí están!!!