No habría conflictos en la inserción, en tanto uses transacciones, par alo cual debes trabajar con tablas InnoDB y no MyISAM.
La mayor parte del problema no está dado por la inserción sino por el SELECT sorbe tablas que están siendo modificadas, para lo que se deben establecer correctamente los ISOLATION LEVEL, ya que los datos leídos pueden ser "sucios" o incluso "datos fantasma".
Lee un poco acerca de la
concurrencia.