Una posible solución es hacer un agrupado por "user_id" y un campo COUNT(). En el HAVING hacemos que muestro solo los registros en los que el count() es igual a 2 y listo. Algo así:
Código:
SELECT user_id FROM prueba p WHERE (option_id=1 or option_id=2) GROUP BY user_id HAVING COUNT(user_id)=2;
Ahora bien, hay que asegurarse que los option_id no están repetidos para el mismo usuario. Para ello estaría bien crear un UNIQUE KEY con estos dos campos.
Un saludo
