Joomla te lo quita como medida de seguridad para tu sitio web. Existen módulos en
http://extensions.joomla.org para meter código
html personalizado y salten esta barrera de seguridad de Joomla.
Por otro lado existen módulos y componentes para publicar banners rotativos. Incluso los mismos sliders te pueden servir para rotar varios banners. Todo está en la creatividad que tengas. En el enlace que te di encontrarás muchos recursos.