En tu caso te esta tomando la "variable" $1 como argumentos separados, es decir
$1 = Muse
$2 = Knights
Tendrias que hacerlo asi:
ffmpeg -pass 1 -passlogfile movieLog.txt -i "$1" -b 750000 -vcodec mpeg4 -s 640x360 -acodec libfaac -ac 2 -ab 96000 "$2"
Y al llamar a los argumentos entrecomillarlos o escaparlos
sh prueba2.sh 'Muse Knights of Cydonia.flv' 'Muse Knights of Cydonia.mp4'
sh prueba2.sh Muse\ Knights\ of\ Cydonia.flv Muse\ Knights\ of\ Cydonia.mp4
tengo la sensación de que funcionaria.
Por cierto por que no sigues el consejo de Defero, anda olvidandote de los espacios.
Por cierto ya que estamos podrias leer un poco:
http://www.google.com/search?client=...utf-8&oe=utf-8