Replace() reemplaza todo la cadena!!

[Peterpay]

filter.Text = filter.Text[i].ToString().Replace(" ","<br />");

aqui esta tu problema

tu reasignas el espacio por el br pero lo asignas eso a toda la cadena

deberia ser algo como

filter.Text[i]=filter.Text[i].ToString().Replace(" ","<br />");

pero considera q Text[i] es un char no un string asi que tendras que hacer alguna conversion previa a string y reasignar u basarte en el indice para jugar con ambas cadenas la que esta antes del 2do espacio y la que esta despues de.