¿un enlace sin anchor text es contabilizado?

[HiAll]

1) Creo que es evidente. Si no esta optimizado tiene mucho menos valor.
Tener tiene, pero bastante menos.

2) No tiene porque, pero normalmente la que tiene mayor PR es la home. Aunque depende si aplican una buena estrategia puede que una interna tenga un mayor PR, o por tratarse de una noticia tenga muchos links y tal...
Si todos los links los tienen en la Home, esta es la que recibe el PR de todas y luego lo distribuye internamente.

3) NO, en este caso no penaliza en absoluto. De hecho usas las herramientas de Google u otro buscador. Si quieres estar más tranquilo leete las condiciones de uso de los buscadores. Y saca tus propia conclusiones.