Hay un version de un programa profesional para realizar lo que deseas, lo malo es que cuesta un poco caro, pero puedes usar el trial. El programa se llama IonCube Package Foundry, y la direccion es la siguiente :
http://www.ioncube.com/ipf/index.php
No he visto una aplicacion open source que haga lo mismo, pero sigo buscando si lo encuentro te aviso.