hectleon, no te desanimes, son cosas que pasamos gente como tu y yo a diario y muchisimos mas que estamos aprendiendo de manera individual sin ir a escuelas o cosas parecidas, nos desviamos por el sendero correcto muy a menudo haciendo metidas de patas, quiero ayudarte pero me pones el codigo asi en seco sin formato, para empezar leer paginas como estas ayudan mucho:
como escribir tu codigo ordenado, legible tanto para ti como para los que te puedan ayudar: 
http://framework.zend.com/manual/en/...-standard.html 
Usa un servidor local(mas rapido, privado y podes hacer y desacer, si lo arruinas, lo desinstalas y lo instalas otra vez xDD): 
Wamp 
Editor: Eclipse 
y por ultimo, te reitero, usa en los foros [ HIGHLIGHT="php"][ /HIGHLIGHT] o [ PHP][ /PHP], para que se vea bonito y nos animemos a ayudarte    
Código php:
Ver original- <?php 
- echo '<form method="post" action="notas_2009.php" name="form_notas"> 
- <tr> 
- <td width="3%"><span class="Porcentaje"><?php echo $contador++;?>   -->>> aca hay uno, donde cerraste PHP??? 
- </span></td> 
- <td width="50%"><span class="Porcentaje">'.$fila["apellido_alumno"]." ".$fila["nombre_alumno"].'</ ->>> aca hay otro, no se en donde abres y cierras las etiquetas de PHP confuso <?php ?> 
copie parte del codigo