Buenas,
así te sirve?
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function Horeja(){
var hoy=new Date()
var horilla=hoy.getHours()
var minutillos=hoy.getMinutes()
var segundillos=hoy.getSeconds()
var Hora=horilla + ":" + minutillos + ":" + segundillos
document.getElementById('hora').value= Hora
}
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<input type="text" name="hora" id="hora"> <input type="button" value="Hora" onClick="Horeja()">
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