Hola
Pues complementando lo que ya te respondieron, puedes hacer esto 
 Código PHP:
    $linea = 'dato1, dato2, "dato3.1,dato3.2", dato4';
$regis= explode('"', $linea);
foreach( $regis as $id=>$value ){
        if($id == 1){
            $value = str_replace(',',' ',$value);
        }
        $nuevalinea = $nuevalinea.$value;
}
$regis = explode(",", $nuevalinea); 
    
  saludos