Cuando hablan de que afecta al posicionamiento se refieren a los casos en que el javscript sustituye al CSS, por ejemplo en un menú. Los enlaces de un menú en javascript aunque Google los puede seguir no traspasan pagerank ni anchor text a los enlaces internos. Por casos como este se dice que el javascript es malo para posicionar, es una frase simplificada al máximo, tiene su utilidad.
