No me parece que esté penalizada, tampoco vi tus enlaces reciprocos, no sé cuáles son.
No entendí lo de la URL. Si cambiaste todas las URLs sin hacer una
redirección 301, definitivamente es eso. Cuando cambiás de URL, la página vieja deja de existir para Google y con ella su relevancia. Con una 301 le avisás a G que la estás moviéndola de lugar únicamente.