Hola neodani,
Para establecer los márgenes puedes usar el método SetMargins (para hacerlo de una vez) o los métodos SetLeftMargin, SetRightMargin, etc. (para hacerlo por separado), Recuerda que las medidas que uses deben estar acorde a la unidad de medida que especifícas en el método constructor, generalmente en milímetros. Así que si quieres 2cm de margen, en realidad debes poner 20. Para el margen inferior debes usar el método SetAutoPageBreak. Por ejemplo:
Código PHP:
#Creamos el objeto pdf (con medidas en milímetros):
$pdf = new FPDF('P', 'mm', 'A4');
#Establecemos los márgenes izquierda, arriba y derecha:
$pdf->SetMargins(30, 25 , 30);
#Establecemos el margen inferior:
$pdf->SetAutoPageBreak(true,25);
Espero haberte ayudado. Puedes mirar la documentación que acompaña al paquete que has descargado, es muy completa.
Saludos
