Cita:
Iniciado por fumondj 
okey gracias aclarado.
Bueno, veo que con la info que te han dado ya te han aclarado bastante tu duda. Yo añadiré mi comentario.
Dependiendo de que entendamos por afectar al posicionamiento. El javascript no baja el posicionamiento, ni penaliza. El javascript ocurre que los robots no lo siguen.
Es el ejemplo del menu que te han puesto. Si este menú está en javascript, google no sigue los enlaces, con lo cual, es más difícil que rastree toda tu web.
Digamos que el uso de javascript dificulta el paso de los robots de los buscadores, en ese sentido es en el que afecta.
Las webs, tenemos que optimizarlas de manera que los robots se paseen por ellas sin ningún tipo de problemas, y eso es lo que hacemos mediante los enlaces en css, en vez de con javascript.