Tampoco hay que complicarse, chicos:
$cad=3;
$cad = sprintf("%02d", $cad);
Antes:
Código PHP:
for($i=0; $i<$long; $i+=$separar) {
$sub = substr($cadena, $i, $separar);
echo "Parte " . ++$contador . ": \n";
echo "$sub<br>\n";
}
Después:
Código PHP:
for($i=0; $i<$long; $i+=$separar) {
$sub = substr($cadena, $i, $separar);
$sub = sprintf("%02d", $sub);
echo "Parte " . ++$contador . ": \n";
echo "$sub<br>\n";
}