El problema viene porque IE se pasa los estándares por donde el sol no llega. Y, por si fuera poca cosa, también depende de que versión de IE se use.
Hay una serie de trucos (hay algunos que aprovechan errores del propio IE para subsanar otros errores) para indicarle a IE cómo presentar la página. Aunque seguramente sea bastante latoso hacerlo, busca por
IE css hacks y ten mucha paciencia para "arreglar" la página para IE.