<span> es un elemento de línea, sin dudas de muchísima utilidad, aunque lo correcto es que si quieres incluir un boque de texto, un párrafo, lo hagas con la etiqueta <p> que es un elemento de bloque.
http://www.librosweb.es/css/capitulo...elementos.html Cita:
Iniciado por kaninox 
<p> (...) da unos leves pixeles de alto
Debe haber algun estilo que se lo indique o bien todavía no incluiste un reset para tu css.
Prueba con el clásico reset básico * {margin:0; padding:0;}
Saludos!