Veamos pues el problema es que no me actualiza la id de los elementos que clono. Me deja la misma id que en la plantilla que clono.
Gracias ACX_POISON por la recomendación. Si a alguien se le ocurre como actualizar la id que no sea como:
Código:
control[i].id = control[i].id + hdValue.value;
Gracias de antemano.