Vun, hola...
mira, no es bueno aplicar la misma "limpieza" a todas las variables arbitrariamente...
es mejor hacerlo variable por variable.. y dependiendo del uso de esta variable, si es entero string, double/float, etc...
claro que hay que hacerlo al momento de utilizarlo, otra es aplicar filtros...
http://php.net/filter
otra es usar PDO para conectar con la BD y utilizar sus métodos ->
bind() para que automáticamente se limpien las variables...
http://php.net/pdo
en fin, formas.. varias, solo hay que investigar y reflexionar muy bien sobre el tema
suerte!!