Recuerda que PHP es un lenguaje stateless, por lo que en cada request se ejecuta tu bootstrap, ahora para implementar lo que quieres es simple, solo estable una bdd por defecto, y haz una pagina donde puedas seleccionar que bdd usar y guardas en una sesión que bdd esta usando o en algún otro medio persistente (un archivo, base de datos, etc.).
Entonces solo es cuestión de comparar (ejemplo):
Código PHP:
Ver original$config = Peristence::getDBConfig();
if (!$config) {
$config = $DBDefaultConfig;
}
// Inicias tu BDD y pones los datos.
Saludos.