Para que puedas resolver el problema de penalización.
te recomiendo herramientas para web master de google
Herramientas
En herramientas para web master podras ver. los problemas que tiene tu web.
te dira si tu contenido esta duplicado (titulo, meta tags y etc)
tambien te saldra los enlaces rotos.
por otra parte trata de ver que sitos te enlazan , podria ser que un sitio baneado te este enlazando.