Podrias decir para que la usas. Ya que esta mas que explicar seria hacerla y puedo ayudarte, pero tratare de explicarte mi idea. Te recomiendo que la hagas y luego la optimizes pero es claro que se tardara un poco ya que deve leer las 2.000.000 de lineas.
La idea es:
Leer las 2.000.000 de linea [se tarda aprox unas 2 o 3horas, depende cuanto mida]. Despues de eso cada registro deveras hacer que lo parte en , y en el ultimo el y [Esto lo explico mas abajo]. Despues deveras comparar una por uno y ya con eso podrias saber ye n un array anotar los que hallas usado.
Mira para poder poner el las filas usarias variables variables y un explode
Código PHP:
do{
$num = 0;//numero de fila
$fila = explode(',', $row[0])
//despues aqui le volvemos a romper el y
//numero = el numero que se puso anteriormente
$fila_2 = explode('y', $row[0]);
//ahora ya tendriamos separado en 2 partes
//solo falta juntarlos y comparar
//checamos que tan grande es fila y despues le agregamos uno mas.
$fila[count($fila)] = $fila_2[1];
//aqui solo creamos un do...while y comparamos uno por uno que algunos seran 2 y //otros tres, claro uno por uno de cada fila.
//Al comprar si se encuentra a lli las palabras pues solo escribes el numero de fila
//en el cual se encuentra.
$num++;
}while($row = mysql_fetch_array($result));
//Despues solo volvemos a llamar los datos que se han pedido que se grabaron anteriorente en el array y ya los tienes :D
//esto se pone en un for, do.while o lo que sea de loop
Espero poder haberte ayudado
Perdon por doble post pero la idea de Fairy es mejor la he leido y creo que es exactamente lo que necesitas xD
salu2