Me da verguenza decirte esto pero es el mismo error ahora implementado en mi pagina:
 http://img405.imageshack.us/img405/4347/50067883.jpg  
Para que tengas una idea de como esta estructura mi sistema mira esto:  
http://img405.imageshack.us/img405/6406/30691134.jpg 
Y en mi index principal llamo asi:   
Código php:
Ver original</head>
<body>
<?php include('cabecera.php');?>
<?php
            $modulo = $_GET['mod'];
                $ruta = 'modulos/' . $modulo . '/'.$modulo.'.ctrl.php';
                    include($ruta);
                } else {
                    echo "ERROR 404: No existe el archivo";
                }
            } else {
              ?>
                <table align="center" width="850" height="400" border="0">
                <tr>
                <td>
                <table>
                <tr>
                     <td width="123">
                       <h3 align="center" class="Estilo2">Noticias Breves</h3>
                        <div align="center">
                          <?php  include('modulos/noticias/vistas/scroll.html.php');?>  
                       </div></td>
                     <td width="711">
                        <div align="center">
                        <?php include('cuerpo.php'); ?>
                        </div>
                    </td>
                </tr>
  
Perdon por la molestias