Bueno, puedes ir guardando las medias parciales e irlas sumando a medida que recoges los datos:
Código:
// Declaración
float mediaParcial = 0;
for(i=1;i<=dia;i++){
printf("introduce la temperatura maxima: \n");
_flushall();
scanf("%i",&num1);
printf("introduce la temperatura minima: \n");
_flushall();
scanf("%i",&num2);
if(num1>max){
max=num1;
}
if(num2<min){
min=num2;
}
mediaParcial = mediaParcial + ((float)(num1+num2)/2);
}
// La media total será la media parcial entre el número de días
mediaTotal = (float)media/dia;
Un saludo.