Dime lo que quieres hacer y te diré que camino optar
Pues por que no usas
enlaces simbólicos. Tal vez eso te podría servir. Aunque me suena extraño que quieres copiar ya un programa instalado para poder ejecutarlo desde otro disco, pero que caso tendría si está en la misma computadora y aunque copies todos los archivos y pases ese disco duro a otra computadora (que suena a pirateria) te falta considerar los registros.
Saludos