lo que debes hacer al armar el enlace es, en lugar de imprimir la variable (supongamos $seccion) directamente, pasarla por la funcion
urlencode, algo asi:
Código PHP:
print("index.php?variable=$valor&seccion=".urlencode($seccion));
esto lo que hace es reemplazar, o más bien "codigicar", los caracteres especiales para urls (la barra "/", el "&", el signo de pregunta "?", los espacios, etc) por una serie de codigos, que luego se interpretan al recuperar los valores.
saludos,
chubu
pd.: dependiendo de como este configurado el php, a veces poara recuperar correctamente el valor debes utilizar
urldecode