te recomiendo que leas el siguiente tema que parece ser muy parecido a lo que intentas plantear,
http://www.forosdelweb.com/f4/condic...ra-ie6-743846/
mas o menos el asunto es que no tiene sentido el condicional
<!--[if !IE]> porque lo que significa es
si el navegador no es IE, entonces analiza tal cosa. por lo que iexplorer nunca mostrara el contenido de dicha condicion dado que es iexplorer. pero sin embargo, tampoco ningun otro navegador lo mostrara porque los comentarios condicionales solo funciona en iexplorer.
creo que lo tuyo deberia ser asi,
Código:
<!--[if !IE]>-->
<?php include("mapa_.html");
?>
<!--[end if]-->
<!--[if IE]>
<?php include("mapa_ie.html");
?>
<![end if]-->