Hola valenti77 y Adell
 
Muchisimas gracias por sus respuestas y ayuda. 
El codigo lo encontre ayer mismo pero solo en la pagina principal, tenia un monton de links de publicidad que se imprimian en pantalla y tenia la funcion eval. 
Ayer lo removi e hice implementaciones de proteccion contra inyecciones SQL. 
Espero que con eso y el favor de Dios ya no suceda nada de nuevo. Investigare mas para ver el porke podria haber sucedido. 
Mil gracias de nuevo chicos