Solucionado
Después de comerme la cabeza de porqué en local me funcionaba bien y cuando lo subía al servidor no. Despues de utilizar funciones como $_POST o $_FILES, al final resulta que lo hacía bien a la primera utilizando $_POST, pero al subir los archivos por FTP perdian los permisos de escritura, por lo que no podía ser escrito el fichero donde almacenaba los resultados.
Solucionado el tema de permisos (que lo hice fue mirar el log de error del apache para darme cuenta). Todo funciona como era de esperar.
Gracias a todos por su tiempo
