Saludos,
 
He estado trabajando recientemente con prototype y la verdad me gusta bastante su simplicidad y ayuda en manejo de uso. lo que he estado haciendo es agarrar ciertas funciones viejitas que tengo y traducirlas en el momento que las llego a utilizar, pero ya encontre mi primer problema. 
Lo que tengo es una tabla, y en la primera fila donde estan los titulos tengo un checkbox general, cuando hago check en el mismo todos los checks se ponen check=true automaticamente, pero no me esta trabajando en prototype, aqui esta la funcion que estoy utilizando:  
 Código PHP:
    function checkall(){    
    //declaro el arreglo que contendra los checkbox
    var checkboxes = [];
    //declaro una variable donde guardo el formulario y guardo todos los checks en el arreglo
    var form = $('estado');
    checkboxes = form.getInputs('checkbox');
    //checkeo todos los checkboxes
    checkboxes.each(function(e){ e.checked = 0 });
} 
    
  Gracias de antemano