La propiedad "name" de la etiqueta "input" deberia terminar con "[]":
Código HTML:
Ver original<input type="checkbox" name="zona_a[]" id="zona_a" value="Zona Cactario de Lima" onClick="zonas(this)"/>
Una vez hecho esto, desde PHP recibirias un array "zona_a" en donde cada elemento es cada uno de los values seleccionados.