Mmmmm
Lo recomendable es, instalar Joomla en un carpeta dentro de la raiz de tu hosting.
Ej:
Root:
|----Index.html
|----[Joomla]
-------|----Index.php
-------|----Demas archivos de joomla.
Asi cuando alguin ingresa a tu web lo primero que el navegador detecta es el index.html (en este caso seria tu Flash) y con un simple redireccionamiento lo envias a la carpeta [Joomla]
Otro caso, seria manipular el htaccess, pero por razones logicas y de mejor navegacion no es recoemndable... (en mi opinion)
