Derrepente tu has subido archivos con extenciones o los archivos en MAYUSCULA, por ejemplo si en tu web, diste esta ruta algo asi:
<img src="imagen/LOGO.jpg" border="0" />
Y tu archivo es logo.jpg en linux eso no vale.
o
<img src="imagen/tu_logo.JPG" border="0" />
Quizas tu archivo sea asi "tu_logo.jpg"
Trata en la medida que todos tus archivos de tu web sea en minusculas, porque en linux una cosa es MAYUSCULAS y otra cosa es en minusculas.