solo debes iterar un
array(), si iteras uno dentro del otro te va a dar problemas...
ahora, para comparar si el valor ya existe en otro arreglo es mas simple utilizar
in_array()
Código PHP:
foreach ($foo as $bar)
{
echo '<input type="checkbox"';
if (in_array($bar, $candy)) echo ' checked="checked"';
echo '/>';
}