Gracias, ya habia pensado usar la funcion in_array, pero para eso debo extraer los valores del array mas pequeño para compararlos con cada elemento del segundo.
Bueno asi fue como lo solucione:
Código PHP:
foreach ($generos_checks as $generos){
$gener .= '<input type="checkbox" class="check" name="generos[]" id="generos" ';
foreach ($gene as $generos2){
$gener .= ($generos2 == $generos ? ' checked="checked" ' : '' );
}
$gener .= ' />' . $generos . ' ';
}