¿Y el doctype?
Cita: Veréis que la capa "container-med" la he definido a través de las propiedades top y bottom, ya que en función del contenido, esta capa variará de altura
Incorrecto. Top | right | bottom | left | nada tienen que ver con el tamaño variable en función del contenido. Alteran la posición. Y para alterar la posición de un elemento hay que haberla declarado previamente como relative o absolute. Static no los admiten.
La mayoría de los fallos de ie6 están documentados y publicadas las soluciones, así que en la mayoría de páginas es innecesario utilizar esas librerías js para corregirlos. Y más cuando se utilizan en combinación de otros js.
Usa el "iepngfix" para solucionar el tema de los png transparentes y código estandar (el css y el html), coloca un doctype en tus páginas y algún tipo de reset en el css, y para los fallos de ie6 tienes mucha documentación en la red. Por ejemplo
esta página.
Un saludo