Consulta complicada

[jurena]

Agrupa por pacientes.codpaciente y usa GROUP_CONCAT():

SELECT pacientes.nombre PACIENTE, GROUP_CONCAT (tratamientos.codtratamiento SEPARATOR '-') TRATAMIENTOS, SUM(tratamientos_obra.importe) TOTAL FROM tratamientos INNER JOIN tratamientos_obra ON tratamientos.codtratamiento = tratamientos_obra.codtratamiento INNER JOIN det_registro ON det_registro.codtratamiento = tratamientos.codtratamiento INNER JOIN registro ON det_registro.codregistro = registro.codregistro INNER JOIN pacientes ON registro.codpaciente = pacientes.codpaciente WHERE registro.fecha BETWEEN '20090101' AND '20091118' GROUP BY pacientes.codpaciente

No lo he probado. Para las uniones entre tablas, usa INNER JOIN... ON. Es mejor, más rápido y deja más claro el código.