Los procesos de migración son siempre tediosos y varian mucho deacuerdo a los componentes que tenga la base de datos al momento de migrarla.
Si es una base de datos con procedimientos almacenados, triggers, tablas, vistas y varios componenetes, casi que la migración toca hacerla manualmente. Si es solo una estructura de tablas con tipos de datos estandar, puede hacerse algo mas sencillo.
Te dejo un articulo que habla del tema y las cosas que debes tener en cuenta.
http://dev.mysql.com/tech-resources/...microsoft.html
saludos