Deberias haberlo preguntado en el foro "Base de datos" .. pero bueno .. aquí te dejo el link del manual de Mysql ..
http://www.mysql.com/doc/en/Date_and...functions.html
Si no me equico es simplemente:
SELECT DATE_FORMAT(campo_fecha1-campo_fecha2,"%h:%m:%s") AS diferencia_fechas FROM tabla
Si las fechas las tienes en tablas diferentes .. usa tabla.campo para llamar a cada respectivo campo ...
EL AS es alias .. para q puedas acceder comodamente a esa resultado de la resta ... tipo $row['diferencia_fechas'] ..
Y DATE_FORMAT() das el formato a la fecha obtenida .. en tu caso presentas solo las horas:minutos:segundos .. mm pero serán horas en formato 24 horas + dias+meses ... Si solo quieres Horas .. minutos y segundos tendras q obtener tu fecha en formato TIMESTAMP q son segundos y de ahí empezar a dividir por 60 .....
En este caso sería:
SELECT (UNIX_TIMESTAMP(fecha1)-UNIX_TIMESTAMP(fecha2)) AS fecha_timestamp FROM tabla
tras la consulta tendrias en $row['fecha_timestamp'] .. la fecha en segudos (transcurridos desde el la era UNIX .. '70 en adelante)
.. eso serán segundos trasncurridos entre ambas .. Lo demas se lo dejo a las matemáticas xD
Un saludo,
Así mejor ..