las principales diferencias radican en el tipo de documento y como este se sirve. es decir, un XHTML es un tipo de documento XML que se sirve como
application/xhtml+xml, mientras que un HTML se sirve como text/html. en la practica, el navegador los maneja de forma diferente.
entre las diferentes versiones, el transicional y estricto, las diferencias son los elementos y atributos que este admite. el uso de uno otro depende el grado de compatiblidad que tu quieres llegar con tu audiencia, o al menos asi es como yo lo veo. por ejemplo, si tu sabes que tus usuario utilizan un navegador bastente obsoleto, no te conviene usar la version estricta si quieres mantener una presentacion bastante estable.