Bueno, ya lo he solucionado...
El problema era que yo colocaba rutas completas desde el punto de vista del sistema de ficheros y el navegador juega con rutas relativas..... Quizá le venga bien a alguien más...
La ruta correcta era poner:
Código PHP:
$destino="./Documentos"
muy parecido a lo que decía jesuko.
Muchas gracias a todos ;)