Mmm, igualmente no le tengo mucha confinza a updatear en una sola consulta dos tablas diferentes. Pero bueno. Lo que decia igualmente, mas sencillo es:
Código PHP:
"UPDATE portfolio,categorias SET portfolio.categoria='".$categorias[$i]."' WHERE portfolio.user='".$_POST['user']."' AND portfolio.categoria='".$categorias_old[$i]."'";
Suponiendo que se updatea el campo categoria que esta dentro de la tabla portfolio, se valida el campo user que esta dentro de portfolio y el campo categoria que esta dentro de la tabla portfolio (tambien).
No se si se entendio, cualquier cosita me avisan y lo explico un poco mejor, jeje