Bufff, un momento de lucidez me ha resuelto el problema.
Este estaba en las reglas de el htaccess.
Solo he tenido que filtrarlas para que no actuen en las carpetas de los scripts, css y demas, aunque lo que no entiendo es creia que no era necesario.
Bueno, aki el codigo que lo ha solucionado...
Código htaccess:
Ver originalRewriteEngine On
RewriteRule ^galerias/(.*)$ galerias/$1 [L]
RewriteRule ^lib/(.*)$ lib/$1 [L]
RewriteRule ^css/(.*)$ css/$1 [L]
RewriteRule ^flash/(.*)$ flash/$1 [L]
RewriteRule ^(.*)/(.*)/(.*)/(.*)$ /seccion/$1/$2.php?id=$3&pag=$4
Siendo lib la carpeta con todos los scripts